Oligonucléotide

Les oligonucléotides sont des courtes séquences de nucléotides (ARN ou ADN), simple-brin et longs de quelques dizaines de bases. Ils sont généralement obtenus par synthèse chimique.

Synthèse des oligonucléotides

La synthèse d'oligonucléotide est une technique, particulièrement utilisée dans les laboratoires qui permet d'obtenir un accès inédit ou peu couteux a des oligonucléotides avec la séquence de nucléotides désirée. La technique a pour point de départ un support solide sur lequel est greffé le premier nucléotide. La synthèse s'effectue de manière automatisée grace à un synthétiseur depuis la fin des années 1970. Une fois la synthèse terminée, l'oligonucléotide va être scindé du support solide par un clivage chimique. Cette méthode permet d'obtenir des oligonucléotide ADN, ARN ou mixte mais aussi des oligonucléotides modifiés. La synthèse d'oligonucléotides a connu un essor ces dernières années. De très nombreux synthétiseurs sont disponibles sur le marché et permettent une synthèse automatisée d'oligonucléotides; Les besoins croissant en oligonucléotide proviennent du développement de techniques comme la PCR, les puces à ADN.

Utilisation des oligonucléotides

L'hybridation des acides nucléiques est une technique principale, basé sur la capacité des acides nucléiques simple brin de s'associer pour former une molécule double brin. Les méthodes d'hybridation utilisent des oligonucléotides marqués, nommé sonde. Ces oligonucléotides, positionnés dans un milieu particulièrement complexe contenant de nombreuses molécules non marquées d'acide nucléique vont s'associer seulement avec celles qui ont une séquence complémentaire. Les oligonucléotides sont par conséquent fréquemment utilisés comme sondes pour détecter des ADN ou ARN complémentaires.

ADN

Comme exemples d'utilisation des oligonucléotides ADN on peut citer :

• Les puces à ADN.
• La technique du Southern blot.
• La technique FISH. (Fluorescent In Situ Hybridization)

Les oligonucléotides d'ADN (déoxyoligonucléotides) sont fréquemment utilisés pour la PCR (Polymerase Chain Reaction), procédé permettant d'augmenter presque n'importe quel morceau d'ADN. Dans ce cas, l'oligonucléotide est fréquemment désigné sous le nom d'amorce. Ceci va générer une "cible" pour une polymérase qui va pouvoir lier et pour prolonger l'amorce par l'addition de nucléotides.

ARN

Les oligonucléotides d'ARN sont synthétisés pour obtenir

• Des ARN antisens
• Des ARN possédant une activité enzymatique, nommés des ribozymes.
• Des ARN interférents

Dans l'"argot de la science", les oligonucléotides sont nommés'oligos.

Quantification

Les oligonucléotides sont quantifiés par mesure d'absorbance dans une cuve en quartz à une longueur d'onde de 260 nm avec un spectrophotomètre UV. A partir de cette densité optique, la concentration et quantité de matière d'oligonucléotide peuvent être calculées.

Voir aussi

• Aptamère — oligonucléotides avec d'importantes applications biologiques

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